A Operação Cui Bono, da Polícia Federal, investigou empréstimos concedidos pela Caixa Econômica Federal a diversas empresas, incluindo a Eldorado Celulose, da J&F Investimentos, controladora da JBS. Segundo o Ministério Público Federal, um grupo de políticos liberava créditos da Caixa em troca de propina paga pelas empresas beneficiadas. Entre os facilitadores da J&F estariam o ex-ministro Geddel Vieira Lima e o ex-presidente da Câmara dos Deputados Eduardo Cunha.
Conforme noticiou O Globo, a Operação Greenfield, da Polícia Federal, investigou a Eldorado Celulose, empresa da J&F Investimentos, controladora da JBS, por indícios de irregularidades na escolha da companhia para receber recursos de fundos de pensão. A suspeita era de que os responsáveis pelos investimentos atuaram de forma ilícita e pagando valores supervalorizados pelos ativos financiados. A operação resultou em um acordo no qual o grupo se comprometeu a indenizar os fundos de pensão pelos prejuízos. Seis anos depois, em 2023, o ministro Dias Toffoli, do STF, suspendeu o pagamento, atendendo a um pedido da J&F para “corrigir abusos” do processo.
A Polícia Federal deflagrou a Operação Sépsis, desdobramento da Operação Lava Jato que envolveu uma empresa da J&F Investimentos, holding controladora da JBS. A polícia cumpriu mandados de busca e apreensão na sede da Eldorado, empresa de celulose do grupo, e também realizou buscas na mansão de Joesley Batista, um dos donos da holding, em São Paulo. Conforme noticiado, a Eldorado era suspeita de ter sido favorecida em empréstimos do FI-FGTS, fundo gerido pela Caixa Econômica Federal, banco estatal brasileiro.
A JBS foi alvo de diversas ações trabalhistas movidas pelo Ministério Público do Trabalho por falta de segurança e acidentes ocorridos em seus frigoríficos, segundo a Repórter Brasil. A reportagem mostra que um trabalhador teve o braço tragado por uma máquina durante a limpeza no Mato Grosso do Sul, outro teve a mão decepada em um moedor de suínos no Paraná, e um mecânico morreu ao cair em uma máquina de trituração em São Paulo.
Segundo noticiado pelo TRT/MT, a JBS foi condenada pela Justiça do Trabalho a pagar R$ 2,3 milhões devido a irregularidades trabalhistas no frigorífico de Juruena (MT), que incluíam o fornecimento de carne com larvas aos funcionários. As ações, movidas pelo Ministério Público do Trabalho, apontaram problemas como jornadas exaustivas, falta de equipamentos de proteção e ausência de programas obrigatórios de saúde ocupacional. Segundo noticiado pelo MPT/MT, em 2016, a empresa firmou um acordo no valor de R$ 3 milhões em indenização por danos morais coletivos, para encerrar esta e outras ações sobre as condições de trabalho nessa sua unidade no MT.
