Ricardo Saud, ex-diretor de Relações Institucionais da J&F Investimentos, controladora da JBS, admitiu que a empresa "doou propinas" a 1.829 candidatos de 28 partidos diferentes, conforme vídeo divulgado pelo Valor Econômico. Segundo seu depoimento na delação premiada, feita na Operação Lava Jato, as doações ilícitas somaram quase R$ 600 milhões, a maior parte em troca de benefícios no setor público. "Tirando esses R$ 10, R$ 15 milhões aqui, o resto tudo é propina. Tudo tem ato de ofício, tudo tem promessa, tudo tem alguma coisa", afirmou Saud.

A Operação Bullish, da Polícia Federal, apontou irregularidades nas operações feitas pelo BNDES durante a aquisição pela JBS da empresa norte-americana Pilgrim’s Pride e a incorporação do frigorífico Bertin, da Swift Argentina e Swift EUA e da National Beef e Smithfield. A investigação, conforme noticiado pelo MPF, apontava que a JBS havia conseguido os recursos públicos com mais facilidade após contratar consultorias ligadas ao ex-ministro da Fazenda Antonio Palocci, em um esquema que envolveria também os funcionários do banco. Em Dezembro 2019, o MPF pediu a reparação do dano causado pela JBS e os funcionários do banco ao BNDES, em um montante que ultrapassa 21 bilhões de reais. Em 2024, o Tribunal de Contas da União apontou que não havia indícios de irregularidades na atuação do banco.

A JBS e outras empresas do setor foram investigadas por um esquema de suborno a fiscais de frigoríficos dentro da Operação Carne Fraca da polícia federal. O arranjo permitia a venda de carne podre e a falsificação de documentos de exportação, além de causar falhas deliberadas na inspeção de plantas frigoríficas. As acusações contra os frigoríficos incluíam o uso de produtos químicos para disfarçar carne estragada, o que levou a uma série de suspensões de exportação da carne brasileira para diferentes países.

A Operação Cui Bono, da Polícia Federal, investigou empréstimos concedidos pela Caixa Econômica Federal a diversas empresas, incluindo a Eldorado Celulose, da J&F Investimentos, controladora da JBS. Segundo o Ministério Público Federal, um grupo de políticos liberava créditos da Caixa em troca de propina paga pelas empresas beneficiadas. Entre os facilitadores da J&F estariam o ex-ministro Geddel Vieira Lima e o ex-presidente da Câmara dos Deputados Eduardo Cunha.