A J&F Investimentos, controladora da JBS, aceitou pagar uma multa de 256 milhões de dólares para encerrar a investigação do Departamento de Justiça dos Estados Unidos sobre violações da Lei de Práticas de Corrupção no Exterior (FCPA). Conforme descrito no acordo firmado, a empresa declarou-se culpada e reconheceu ter desembolsado milhões de dólares em subornos a funcionários públicos no Brasil em troca de financiamento e outros benefícios para si e suas subsidiárias, configurando assim uma infração à legislação norte-americana.

A JBS violou os direitos dos trabalhadores indígenas Kaingáng, de acordo com Ação Civil Pública do Ministério Público do Trabalho. A empresa demitiu 40 indígenas da etnia de uma só vez no frigorífico da Seara, subsidiária da JBS, na cidade de mesmo nome, localizada em Santa Catarina, durante a escalada dos casos de Covid-19. A demissão em massa incluiu indígenas que estavam sob monitoramento clínico, entre eles gestantes que já se encontravam afastadas do trabalho.

Segundo notícia da Reuters, a JBS e seus executivos foram acusados de divulgar informações falsas e enganosas aos seus investidores pelos escritórios de advocacia DRRT, dos Estados Unidos, e Finkelstein Advogados, do Brasil. Segundo a matéria, em processo de arbitragem movido em nome dos acionistas da empresa a acusava de ter se tornado a maior processadora de carne do mundo a partir de “suborno e corrupção”, reivindicando  uma indenização de 270 milhões de dólares.

A Operação Baixo Augusta, da Polícia Federal, apurou um esquema de propina para a liberação de dinheiro público à JBS. De acordo com o Tribunal de Contas da União (TCU), um auditor-fiscal da Receita Federal teria liberado créditos no valor de R$ 822 milhões à J&F Investimentos, controladora da JBS, tendo recebido R$ 160 milhões em troca. A investigação teve origem no acordo de colaboração premiada da empresa com o Ministério Público Federal, e o auditor-fiscal foi punido pelo Tribunal de Contas da União em 2024.

O Congresso Nacional instaurou uma CPMI para investigar as atividades da JBS e de sua controladora, a J&F Investimentos. A comissão tinha como objetivo apurar os acordos de delação premiada firmados entre o Ministério Público Federal e executivos das empresas, além de investigar possíveis irregularidades em negócios com o BNDES entre os anos de 2007 e 2016. A votação final incluiu o pedido de indiciamento dos irmãos Joesley e Wesley Batista.

A J&F Investimentos, controladora da JBS, concordou em pagar uma multa de R$ 10,3 bilhões para firmar um acordo de leniência, o maior já celebrado no Brasil até então, com o Ministério Público Federal. O acordo abrange os fatos investigados contra a holding em diversas operações da Polícia Federal, incluindo Carne Fraca, Cui Bono, Greenfield e Sepsis. Em 2023, o ministro do Supremo Tribunal Federal, Dias Toffoli, suspendeu os pagamentos que ainda deveriam ser feitos pela empresa.

Ricardo Saud, ex-diretor de Relações Institucionais da J&F Investimentos, controladora da JBS, admitiu que a empresa "doou propinas" a 1.829 candidatos de 28 partidos diferentes, conforme vídeo divulgado pelo Valor Econômico. Segundo seu depoimento na delação premiada, feita na Operação Lava Jato, as doações ilícitas somaram quase R$ 600 milhões, a maior parte em troca de benefícios no setor público. "Tirando esses R$ 10, R$ 15 milhões aqui, o resto tudo é propina. Tudo tem ato de ofício, tudo tem promessa, tudo tem alguma coisa", afirmou Saud.

A Operação Bullish, da Polícia Federal, apontou irregularidades nas operações feitas pelo BNDES durante a aquisição pela JBS da empresa norte-americana Pilgrim’s Pride e a incorporação do frigorífico Bertin, da Swift Argentina e Swift EUA e da National Beef e Smithfield. A investigação, conforme noticiado pelo MPF, apontava que a JBS havia conseguido os recursos públicos com mais facilidade após contratar consultorias ligadas ao ex-ministro da Fazenda Antonio Palocci, em um esquema que envolveria também os funcionários do banco. Em Dezembro 2019, o MPF pediu a reparação do dano causado pela JBS e os funcionários do banco ao BNDES, em um montante que ultrapassa 21 bilhões de reais. Em 2024, o Tribunal de Contas da União apontou que não havia indícios de irregularidades na atuação do banco.

A JBS e outras empresas do setor foram investigadas por um esquema de suborno a fiscais de frigoríficos dentro da Operação Carne Fraca da polícia federal. O arranjo permitia a venda de carne podre e a falsificação de documentos de exportação, além de causar falhas deliberadas na inspeção de plantas frigoríficas. As acusações contra os frigoríficos incluíam o uso de produtos químicos para disfarçar carne estragada, o que levou a uma série de suspensões de exportação da carne brasileira para diferentes países.