Wesley Batista foi preso pela Polícia Federal na segunda fase da Operação Tendão de Aquiles, que investigava o uso de informações privilegiadas para obtenção de lucros no mercado financeiro. De acordo com o G1, isso se deu entre abril e maio de 2017, quando vieram a público detalhes do acordo de colaboração premiada firmado entre executivos da J&F e a Procuradoria-Geral da República (PGR). Wesley foi solto em 20 de fevereiro de 2018, por decisão do Superior Tribunal de Justiça.
Joesley Batista foi preso pela primeira vez, junto a Ricardo Saud, ex-executivo da J&F, holding controladora da JBS. Segundo o G1, o estopim para as prisões foram áudios em que Joesley e Saud sugerem que um procurador da República estava ajudando nos seus acordos de delação feitos dentro da Operação Lava Jato. Joesley viria a ser solto meses depois.
O Congresso Nacional instaurou uma CPMI para investigar as atividades da JBS e de sua controladora, a J&F Investimentos. A comissão tinha como objetivo apurar os acordos de delação premiada firmados entre o Ministério Público Federal e executivos das empresas, além de investigar possíveis irregularidades em negócios com o BNDES entre os anos de 2007 e 2016. A votação final incluiu o pedido de indiciamento dos irmãos Joesley e Wesley Batista.
A JBS comprou gado de fazendas que foram flagradas com trabalho análogo à escravidão e desmatamento ilegal, conforme mostrou investigação da Repórter Brasil e do jornal The Guardian. A reportagem afirma que a empresa comprou gado diretamente de uma fazenda no estado do Pará que estava sob investigação por manter trabalhadores em condições análogas à de escravo, onde a água que os funcionários bebiam era retirada do mesmo rio onde os bois defecavam.
A Humane Society of the United States publicou investigação documentando frangos sendo espancados e golpeados com barras de ferro em uma fazenda e um abatedouro contratado pela Pilgrim’s Pride, empresa da JBS sediada nos Estados Unidos. A organização apresentou denúncias de crueldade animal nos estados do Texas e na Geórgia, onde ocorreram as agressões, após a investigação.
A Polícia Federal e a Comissão de Valores Mobiliários (CVM) realizaram uma operação para apurar se a JBS fez uso indevido de informações privilegiadas para lucrar no mercado financeiro nos dias que antecederam a delação de Joesley e Wesley Batista. A Operação Tendão de Aquiles investigava se os executivos haviam praticado o crime de “insider trading” (negociação com informações privilegiadas), mas a CVM absolveu os empresários de todos os processos sobre o tema em 2023.
Após as operações carne fria e carne fraca, o Greenpeace descontinuou o seu envolvimento na implementação do Compromisso Público da Pecuária na Amazônia por considerar extremamente grave as denúncias que pesavam contra a JBS, “até que a JBS possa comprovar, de fato, que a carne vendida é própria para o consumo e livre de desmatamento, trabalho escravo e conflitos com terras indígenas e áreas protegidas”.
A J&F Investimentos, controladora da JBS, concordou em pagar uma multa de R$ 10,3 bilhões para firmar um acordo de leniência, o maior já celebrado no Brasil até então, com o Ministério Público Federal. O acordo abrange os fatos investigados contra a holding em diversas operações da Polícia Federal, incluindo Carne Fraca, Cui Bono, Greenfield e Sepsis. Em 2023, o ministro do Supremo Tribunal Federal, Dias Toffoli, suspendeu os pagamentos que ainda deveriam ser feitos pela empresa.
Em vídeo divulgado pelo G1, Joesley Batista admitiu que pagou cerca de R$ 400 milhões em propina a políticos, em casos que começaram com intervenções na diretoria do BNDES a partir de 2004 e, com o tempo, passaram a bancar campanhas eleitorais. Segundo Batista, esse valor se tratava de propina disfarçada de doação política. "Tem pagamento via oficial, caixa 1, via campanha política; tem via caixa 2; tem via dinheiro em espécie", disse Joesley em seu acordo de delação premiada decorrente das operações da Polícia Federal e investigações do Ministério Público Federal.
Ricardo Saud, ex-diretor de Relações Institucionais da J&F Investimentos, controladora da JBS, admitiu que a empresa "doou propinas" a 1.829 candidatos de 28 partidos diferentes, conforme vídeo divulgado pelo Valor Econômico. Segundo seu depoimento na delação premiada, feita na Operação Lava Jato, as doações ilícitas somaram quase R$ 600 milhões, a maior parte em troca de benefícios no setor público. "Tirando esses R$ 10, R$ 15 milhões aqui, o resto tudo é propina. Tudo tem ato de ofício, tudo tem promessa, tudo tem alguma coisa", afirmou Saud.
