A Operação Bullish, da Polícia Federal, apontou irregularidades nas operações feitas pelo BNDES durante a aquisição pela JBS da empresa norte-americana Pilgrim’s Pride e a incorporação do frigorífico Bertin, da Swift Argentina e Swift EUA e da National Beef e Smithfield. A investigação, conforme noticiado pelo MPF, apontava que a JBS havia conseguido os recursos públicos com mais facilidade após contratar consultorias ligadas ao ex-ministro da Fazenda Antonio Palocci, em um esquema que envolveria também os funcionários do banco. Em Dezembro 2019, o MPF pediu a reparação do dano causado pela JBS e os funcionários do banco ao BNDES, em um montante que ultrapassa 21 bilhões de reais. Em 2024, o Tribunal de Contas da União apontou que não havia indícios de irregularidades na atuação do banco.