A JBS foi a empresa com o maior número absoluto de evidências de irregularidades (118.459 cabeças de gado) no primeiro ciclo de auditoria do TAC da Carne, o acordo que a empresa e outros frigoríficos mantêm com o Ministério Público Federal para coibir o desmatamento na região amazônica. A auditoria estimou que 19% do gado adquirido pela JBS tinha evidências de irregularidades.