A JBS teve a sua cadeia contaminada por gado oriundo da Terra Indígena Apyterewa, localizada no Pará, e considerada a mais desmatada do Brasil, segundo investigação da Environmental Investigation Agency (EIA). Fazendas que vendiam diretamente à JBS foram rastreadas como originárias da criação ilegal de animais dentro da TI. A organização afirma que a prática viola os acordos firmados pela empresa com o Ministério Público Federal, nos quais a JBS se compromete a não adquirir gado de propriedades com desmatamento ilegal, sobreposição com áreas protegidas ou localizadas em Terras Indígenas.